สาธารณรัฐมอลโดวาเป็นประเทศที่ไม่มีทางออกทะเล ชื่อเดิมคือมอลเดเวีย(Moldavia) หรือเบสซาราเบีย (Bessarabia) เนื่องจากประกอบด้วยดินแดน๒ ภูมิภาค คือ เบสซาราเบียกับทรานส์นิเตรีย (Transnitria) โดยพื้นที่ ๒ ใน ๓ ของเบสซาราเบียรวมอยู่กับมอลเดเวียและส่วนที่เหลือรวมกับแคว้นยูเครน อย่างไรก็ตามเมื่อมอลเดเวียถูกผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิรัสเซีย ในต้นคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ รัสเซีย เรียกชื่อมอลเดเวียใหม่ตามชื่อของแม่น้ำมอลโดวา (Moldova) ที่เป็นแม่น้ำสายหลักชื่อเบสซาราเบียจึงหมายถึงเฉพาะดินแดนทางฝั่งตะวันออกที่อยู่ระหว่างแม่น้ำพรูต (Prut) กับแม่น้ำนีสเตอร์ (Dniester) เท่านั้น ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๒ สหภาพโซเวียตเปลี่ยนสถานภาพจากสาธารณรัฐปกครองตนเองสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวีย (Moldavian Autonomous Soviet SocialistRepublic) เป็นสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวีย (Moldavian SovietSocialist Republic) ต่อมาในทศวรรษ ๑๙๙๐ เมื่อมีการจัดตั้งเครือรัฐเอกราช(Commonwealth of Independent States - CIS) ขึ้น และสหภาพโซเวียตล่มสลายลงในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ มอลเดเวียซึ่งเปลี่ยนชื่อเป็นสาธารณรัฐมอลโดวาตั้งแต่เดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ ก็ประกาศแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียตและเข้าเป็นสมาชิกเครือรัฐเอกราชด้วย
     มอลเดเวียในอดีตเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรเดเซีย (Kingdomof Dacia) ซึ่งเป็นอาณานิคมของกรีกบริเวณชายฝั่งทะเลดำ ในราวคริสต์ศตวรรษที่ ๔พวกอนารยชนเผ่าต่าง ๆ เช่น แมกยาร์ (Magyars)อวาร์ (Avars) กอท (Goths)และฮั่น (Huns) ผลัดกันบุกรุกและเข้าครอบครอง แต่ในคริสต์ศตวรรษที่ ๕ก็กลายเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของจักรวรรดิโรมัน หลังจากโรมันเสื่อมอำนาจ พวกออสโตรกอท (Ostrogoths) และแอนเทส (Antes) ซึ่งเป็นพวกสลาฟเริ่มเข้าตั้งถิ่นฐานอย่างถาวร ต่อมาระหว่างคริสต์ศตวรรษที่ ๙ ถึง ๑๑ มอลเดเวียถูกรวมเข้ากับอาณาจักรคีวานรุส (Kevan Rus) หรือเคียฟ (Kiev) ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๒พวกมองโกลเข้ารุกรานและเข้ายึดครองอยู่ระยะเวลาหนึ่งก่อนที่มอลเดเวียจะตกอยู่ใต้การปกครองของพวกแมกยาร์ หรือฮังการี อีกครั้งหนึ่ง ในรัชสมัยพระเจ้าหลุยส์มหาราช (Louis the Great ค.ศ. ๑๓๔๒-๑๓๘๒) แห่งราชวงศ์แอนจิิวน (Angevin)พระองค์โปรดให้สร้างป้อมค่ายขึ้นในมอลเดเวียและดินแดนใกล้เคียงเพื่อป้องกันการบุกรุกของพวกสลาฟรัสเซีย ที่จะใช้มอลเดเวียเป็นเส้นทางผ่านเข้าสู่ดินแดนลุ่มแม่น้ำดานูบ อย่างไรก็ตาม การรุกรานของพวกมองโกลอีกระลอกหนึ่งเปิ ดโอกาสให้มอลเดเวียเป็นอิสระจากฮังการี และใน ค.ศ. ๑๓๔๙พระเจ้าบอกดัน (Bogdan) ทรงจัดตั้งดินแดนขึ้นเป็นราชรัฐมอลเดเวีย (Principality of Moldavia) และจัดตั้งเมืองบัลตา (Balta) เป็นเมืองหลวง
     ในรัชสมัยพระเจ้าสตีเฟนที่ ๔ มหาราช (Stephen IV the Great ค.ศ. ๑๔๕๗-๑๕๐๔) ราชรัฐมอลเดเวียขยายอาณาเขตไปทางเทือกเขาคาร์เพเทียน (Carpathian)และตอนเหนือของแม่น้ำนีสเตอร์ โดยผนวกเบสซาราเบียและบูโควีนา (Bukovina)เข้าเป็นส่วนหนึ่งของมอลเดเวีย แต่หลังจากที่พระเจ้าสตีเฟนที่ ๔ สิ้นพระชนม์ราชรัฐก็เริ่มอ่อนแอลงเพราะพระเจ้าบอกดันที่ ๓ (Bogdan III)พระราชโอรสทรงไม่เข้มแข็งในการปกครองพวกเติร์กจึงเข้ารุกรานและใน ค.ศ. ๑๕๑๓ มอลเดเวียก็ตกอยู่ใต้การปกครองของจักรวรรดิออตโตมัน (Ottoman Empire) หรือตุรกีเป็นเวลาเกือบ ๓๐๐ ปี ในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ จักรวรรดิออตโตมันสถาปนามอลเดเวียเป็นรัฐปกครองตนเองภายในจักรวรรดิอย่างไรก็ตาม ในรัชสมัยพระเจ้าจอห์นผู้เหี้ยมโหด (John the Terrible ค.ศ. ๑๕๗๒-๑๕๗๔) มอลเดเวียก่อกบฏต่อพวกเติร์กและให้การสนับสนุนพระเจ้าไมเคิลผู้กล้า (Michael the Brave) แห่งวัลเลเคีย(Wallachia) เคลื่อนไหวต่อต้านออตโตมัน พระเจ้าไมเคิลสามารถขยายดินแดนไปจนถึงทรานซิลเวเนีย (Transylvania) และรวมมอลเดเวียเข้ากับราชรัฐวัลเลเคียในค.ศ. ๑๖๐๐ แต่ในปีต่อมาพระเจ้าไมเคิลถูกลอบปลงพระชนม์ สุลต่านแห่งออตโตมันจึงกลับมาปกครองมอลเดเวียอีกครั้งหนึ่งและจัดตั้งระบบฟานาเรียต (PhanariotSystem) ขึ้นด้วยการแต่งตั้งเจ้าผู้ปกครองจากกรุงคอนสแตนติโนเปิล (Constantinople)ซึ่งส่วนใหญ่มักเป็นสมาชิกราชวงศ์กรีกที่จงรักภักดีมาปกครองมอลเดเวียและวัลเลเคียทั้งควบคุมระบบการค้าและเศรษฐกิจอย่างเข้มงวด
     ในตอนปลายคริสต์ศตวรรษที่ ๑๘ รัสเซีย ขยายอำนาจเข้ามาในจักรวรรดิออตโตมันและพยายามเข้าครอบครองมอลเดเวียและเบสซาราเบียซึ่งเป็นเหตุการณ์หนึ่งของปัญหาตะวันออก (Eastern Question) จนนำไปสู่การเกิดสงครามรัสเซีย -ตุรกีระหว่าง ค.ศ. ๑๗๑๑-๑๘๑๒ รวม ๕ ครั้ง ในสงครามรัสเซีย -ตุรกีครั้งที่ ๔(ค.ศ. ๑๗๘๗-๑๗๙๒) ตุรกีเป็นฝ่ายพ่ายแพ้และตามข้อตกลงในสนธิสัญญายาซี(Treaty of Jassy) ตุรกียอมให้รัสเซีย อารักขามอลเดเวียซึ่งยังคงเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิออตโตมัน และยกบูโควีนาให้แก่ออสเตรีย อย่างไรก็ตาม ในสงครามรัสเซีย -ตุรกี ครั้งที่ ๕ (ค.ศ. ๑๘๐๖-๑๘๑๒) รัสเซีย ยอมลงนามในสนธิสัญญาบูคาเรสต์(Treaty of Bucharest)ยุติสงครามกับตุรกีเนื่องจากกำลังจะถูกกองทัพของจักรพรรดินโปเลียนที่ ๑ (Napoleon I ค.ศ. ๑๘๐๔-๑๘๑๕) แห่งฝรั่งเศส เข้ารุกราน ตามสนธิสัญญาบูคาเรสต์ ค.ศ. ๑๘๑๒ ตุรกีต้องยกดินแดนส่วนใหญ่ของเบสซาราเบียซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของมอลเดเวียให้แก่รัสเซีย แต่รัสเซีย ต้องคืนแคว้นวัลเลเคียและเสียสิทธิการอารักขามอลเดเวีย
     เมื่อชาวกรีกก่อกบฏต่อพวกเติร์กเพื่อแยกตนเป็นอิสระจากจักรวรรดิออตโตมันในทศวรรษ ๑๘๒๐ ซึ่งนำไปสู่สงครามอิสรภาพกรีก (Greek War ofIndependence) สงครามดังกล่าวเป็นผลสืบเนื่องจากการแพร่กระจายลัทธิเสรีนิยมและลัทธิชาตินิยมที่ได้รับอิทธิพลจากการปฏิวัติฝรั่งเศส ค.ศ. ๑๗๘๙(French Revolution of 1789) รัสเซีย ได้ส่งกองทัพข้ามแม่น้ำพรู ตเข้าไปในมอลเดเวียเพื่อช่วยปลดแอกชาวกรีกและแสวงหาผลประโยชน์ในคาบสมุทรบอลข่านสงครามรัสเซีย -ตุรกี(ค.ศ. ๑๘๒๘-๑๘๒๙) ที่เกิดขึ้นทำให้ตุรกีต้องยอมแพ้ด้วยการลงนามในสนธิสัญญาอะเดรียโนเปิล (Treaty of Adrianople) เมื่อวันที่ ๑๔ กันยายนค.ศ. ๑๘๒๙ ตุรกียอมยกเลิกสิทธิในการควบคุมปากแม่น้ำดานูบและยกดินแดนชายฝั่งทะเลดำให้แก่รัสเซีย ทั้งจ่ายค่าปฏิกรรมสงครามจำนวนมหาศาลโดยกำหนดเวลาชดใช้ ๑๐ ปี รัสเซีย ได้สิทธิควบคุมดินแดนในราชรัฐดานูบ (DanubianPrincipalities) ซึ่งประกอบด้วยมอลเดเวียและวัลเลเคีย เป็นหลักประกันการจ่ายค่าปฏิกรรมสงคราม
     ในทศวรรษ ๑๘๕๐ รัสเซีย ขัดแย้งกับตุรกีอีกครั้งหนึ่งเกี่ยวกับการที่ตุรกีให้สิทธิพิเศษแก่ฝรั่งเศส ในการเข้าไปคุ้มครองคริสต์ศาสนิกชนนิกายโรมันคาทอลิกในดินแดนศักดิ์สิทธิ์ ที่อยู่ใต้การปกครองของตุรกี สิทธิดังกล่าวซ้ำซ้อนกับสนธิสัญญากูชุกไกนาร์จี (Treaty of Kuchuk Kainarji) ที่ตุรกีทำไว้กับรัสเซีย โดยให้รัสเซีย มีสิทธิในการคุ้มครองคริสต์ศาสนิกชนนิกายกรีกออร์ทอดอกซ์ (Greek Orthodox)ในดินแดนตุรกีตั้งแต่ ค.ศ. ๑๗๗๔ รัสเซีย จึงบีบบังคับให้ตุรกียกเลิกข้อตกลงดังกล่าวกับฝรั่งเศส แต่ประสบความล้มเหลวและนำไปสู่การเกิดสงครามไครเมีย (CrimeanWar ค.ศ. ๑๘๕๓-๑๘๕๖) ซึ่งเป็นสงครามใหญ่ครั้งแรกระหว่างประเทศมหาอำนาจยุโรปภายหลังสงครามนโปเลียน (Napoleonic Wars ค.ศ. ๑๘๐๔-๑๘๑๕) สงครามครั้งนี้ละเมิดหลักการดุลอำนาจตามข้อตกลงของการประชุมใหญ่แห่งเวียนนา(Congress of Vienna ค.ศ. ๑๘๑๔-๑๘๑๕) และทำลายความร่วมมือแห่งยุโรป(Concert of Europe) รัสเซีย ซึ่งต่อสู้ทำสงครามโดยปราศจากพันธมิตรเป็นฝ่ายพ่ายแพ้และต้องยอมยุติสงครามด้วยการลงนามในสนธิสัญญาปารีส (Treaty of Paris)เมื่อวันที่ ๓๐ มีนาคม ค.ศ. ๑๘๕๖ รัสเซีย ต้องสูญเสียดินแดนส่วนที่เหลือของเบสซาราเบียให้กับมอลเดเวีย และหมดสิทธิควบคุมดินแดนในราชรัฐดานูบ ต่อมา ในค.ศ. ๑๘๕๙ ทั้งมอลเดเวียและวัลเลเคียได้เลือกเจ้าชายอะเล็กซานเดอร์ จอห์นคูซา (Alexander John Cuza) เป็นเจ้านครซึ่งนำไปสู่การรวมตัวกันเป็นราชรัฐโรมาเนีย ใน ค.ศ. ๑๘๖๑
     ในทศวรรษ ๑๘๗๐ เมื่อเกิดวิกฤตการณ์ปัญหาตะวันออกอีกอันสืบเนื่องจากชาวสลาฟในมณฑลบอสเนีย และเฮอร์เซโกวีนา (Bosnia and Herzegovina) ก่อกบฏเพื่อแยกตัวออกจากจักรวรรดิออตโตมัน ประเทศมหาอำนาจได้จัดการประชุมขึ้นที่กรุงคอนสแตนติโนเปิลในปลาย ค.ศ. ๑๘๗๖ และการประชุมที่กรุงเบอร์ลิน(Congress of Berlin) ค.ศ. ๑๘๗๘ เพื่อแก้ไขความขัดแย้งที่เกิดขึ้น ผลสำคัญประการหนึ่งของการประชุมใน ค.ศ. ๑๘๗๘ คือรัสเซีย ได้ยึดครองเบสซาราเบียอีกครั้งหนึ่งและปกครองจนถึง ค.ศ. ๑๙๑๗ ในช่วงรัสเซีย อารักขาและปกครองทั้งมอลเดเวียและเบสซาราเบียนั้น ขุนนางชาวมอลเดเวียได้อาสาสมัครเข้าร่วมในกองทัพรัสเซีย เพื่อทำสงครามกับตุรกีและต่อมาได้เข้ารับราชการในราชสำนักรัสเซีย จนถูกกลืนเข้ากับขุนนางรัสเซีย ขุนนางมอลเดเวียจำนวนหนึ่งจึงยังมีบทบาทสำคัญในการเมืองรัสเซีย โดยได้รับเลือกเป็นสมาชิกสภาดูมา (Duma) และบ้างก็มีส่วนร่วมในการวางแผนสังหารนักบวชเกรกอรี เอฟิโมวิช รัสปูติน (Gregory EfimovichRusputin) ที่มีอิทธิพลในราชสำนักรัสเซีย ตลอดจนมีส่วนร่วมก่อตั้งขบวนการชาตินิยมหัวรุนแรงที่รู้จักกันว่ากลุ่ม “ร้อยทมิฬ” (Black Hundreds) เพื่อต่อต้านขบวนการปฏิวัติและจัดตั้งพรรคการเมือง ฝ่ายขวาที่ชื่อพรรคกองกำลังเหล็ก (Iron Guard Party)ขึ้นด้วย
     ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๑ รัสเซีย เกิดการปฏิวัติเดือนตุลาคม(October Revolution) ค.ศ. ๑๙๑๗ ซึ่งทำให้ราชวงศ์โรมานอฟ (Romanov) สิ้นสุดอำนาจ และรัสเซีย เปลี่ยนการปกครองเป็นระบอบคอมมิวนิสต์ตามอุดมการณ์ลัทธิมากซ์ (Marxism) กลุ่มชาตินิยมในเบสซาราเบียจึงเห็นเป็นโอกาสแยกตนเป็นเอกราชโดยประกาศเป็นสาธารณรัฐประชาธิปไตยมอลโดวา (Democratic MoldovaRepublic) ซึ่งประกอบด้วยเบสซาราเบียและบางส่วนของดินแดนบูโควีนา-เฮิร์ตซา(Bukovina-Hertza) และตัดความสัมพันธ์กับรัสเซีย ทุกด้านเมื่อวันที่ ๒๔ มกราคมค.ศ. ๑๙๑๘ ต่อมา ในปลาย ค.ศ. ๑๙๑๘ ก็มีการลงประชามติให้รวมเข้ากับโรมาเนีย หลังสงครามโลกครั้งที่ ๑ สิ้นสุดลง ประเทศมหาอำนาจในการประชุมสันติภาพที่กรุงปารีสก็รับรองการรวมตัวของสาธารณรัฐประชาธิปไตยมอลโดวากับโรมาเนีย แต่รัฐบาลบอลเชวิค (Bolsheviks) ซึ่งมีวลาดีมีร์ เลนิน (Vladimir Lenin ค.ศ.๑๘๗๐-๑๙๒๔) เป็นผู้นำไม่ยอมรับการรวมตัวดังกล่าวและยังคงอ้างสิทธิของสหภาพโซเวียตในการปกครองเบสซาราเบียหรือสาธารณรัฐประชาธิปไตยมอลโดวา สหภาพโซเวียตจึงประกาศจัดตั้งดินแดนบริเวณพรมแดนโรมาเนีย ทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำนีสเตอร์ในยูเครน เป็นจังหวัดปกครองตนเองมอลเดเวีย (Moldavian AutonomousOblast) ใน ค.ศ. ๑๙๒๔ และต่อมาก็ยกขึ้นเป็นสาธารณรัฐปกครองตนเองสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวีย (Moldavian Autonomous Soviet Socialist Republic - MASSค.ศ. ๑๙๒๔-๑๙๔๐) โดยมีทิแรสพอล (Tiraspol) เป็นเมืองหลวง
     เมื่ออดอล์ฟ ฮิตเลอร์ (Adolf Hitler ค.ศ. ๑๘๘๙-๑๙๔๕) ผู้นำเยอรมนี ทำความตกลงกับสหภาพโซเวียตในกติกาสัญญาไม่รุกรานต่อกันระหว่างนาซี-โซเวียต(Nazi-Soviet Non-aggression Pact) ใน ค.ศ. ๑๙๓๙ เพื่อให้สหภาพโซเวียตวางตัวเป็นกลางในการบุกโปแลนด์ ของเยอรมนี สหภาพโซเวียตในเวลาต่อมาจึงเข้ายึดครองสาธารณรัฐประชาธิปไตยมอลโดวาจากโรมาเนีย เมื่อวันที่ ๒๘ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๔๐ตามข้อตกลงในอนุสัญญาลับที่เป็นส่วนหนึ่งของกติกาสัญญาไม่รุกรานต่อกันระหว่างนาซี-โซเวียต อีก ๒ เดือนต่อมา สหภาพโซเวียตก็ประกาศเปลี่ยนชื่อสาธารณรัฐประชาธิปไตยมอลโดวาเป็นสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวียเมื่อวันที่ ๒สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๔๐ โดยมีคีชีเนา (Chisinau) เป็นเมืองหลวง และยุบเลิกสาธารณรัฐปกครองตนเองสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวีย ขณะเดียวกันสหภาพโซเวียตก็รวมดินแดนทางตอนเหนือของมอลเดเวีย บูโควีนาตอนเหนือและเบสซาราเบียตอนใต้ซึ่งประชากรส่วนใหญ่ในดินแดนทั้ง ๓ แห่งพูดภาษายูเครน เข้ากับสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตยูเครน การรวมดังกล่าวมีผลให้สาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวียกลายเป็นสาธารณรัฐที่ไม่มีทางออกทะเล
     ความพ่ายแพ้ของเยอรมนี ในยุทธการที่เกาะอังกฤษ (Battle of Britain)ค.ศ. ๑๙๔๐ ทำให้ฮิตเลอร์ซึ่งต้องการทดแทนความล้มเหลวในการยุทธดังกล่าวตัดสินใจบุกสหภาพโซเวียตในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๔๑ โดยการใช้แผนปฏิบัติการบาบารอสซา (Operation Barbarossa) โรมาเนีย ซึ่งเป็นพันธมิตรกับเยอรมนี จึงเห็นเป็นโอกาสประกาศสงครามกับสหภาพโซเวียตและบุกยึดเบสซาราเบียกับบูโควีนาตอนเหนือรวมทั้งดินแดนที่อยู่ระหว่างแม่น้ำนีสเตอร์กับแม่น้ำปิฟเดนนีบูฮ์ (PivdennyBuh) ซึ่งโรมาเนีย เรียกชื่อดินแดนดังกล่าวว่าทรานส์นิเตรียกลับคืน อย่างไรก็ตามในต้นเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๔๔ กองทัพแดง (Red Army) ของสหภาพโซเวียตซึ่งเคลื่อนกำลังเข้าปลดปล่อยประเทศยุโรปตะวันออกสามารถปลดอาวุธเยอรมนี และยึดเบสซาราเบียรวมทั้งบูโควีนาตอนเหนือกลับคืน กองกำลังเหล็ก (Iron Guard) ซึ่งเป็นกลุ่มการเมืองฝ่ายขวาที่ปกครองโรมาเนีย จึงหนีออกนอกประเทศไปจัดตั้งรัฐบาลขึ้นที่กรุงเวียนนา (Vienna) ออสเตรีย แต่เมื่อเยอรมนี ยอมแพ้ในสงครามโลกครั้งที่ ๒ กองกำลังเหล็กก็หมดบทบาทและอิทธิพลทางการเมืองลง
     ในสนธิสัญญาสันติภาพระหว่างโรมาเนีย กับประเทศมหาอำนาจพันธมิตรที่ลงนาม ณ กรุงปารีส ใน ค.ศ. ๑๙๔๗ โรมาเนีย ยอมรับสิทธิของสหภาพโซเวียตเหนือเบสซาราเบียและบูโควีนาตอนเหนือ สหภาพโซเวียตจึงผนวกดินแดนทางตอนใต้ของเบสซาราเบีย บูโควีนาตอนเหนือและทรานส์นีเตรียเข้ากับสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตยูเครน อีกครั้งหนึ่ง และรวมส่วนที่เหลือของเบสซาราเบียเข้ากับสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวียดังเดิม
     เมื่อโจเซฟ วิสซารีโอโนวิช สตาลิน (Joseph Vissarionovich Stalin ค.ศ.๑๙๒๗-๑๙๕๓) ผู้นำสหภาพโซเวียตใช้นโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียตในการปกครองมอลเดเวีย และตัดความผูกพันทุกด้านระหว่างมอลเดเวียกับโรมาเนีย มีการสนับสนุนให้พลเมืองรัสเซีย และยูเครน เข้ามาตั้งถิ่นฐานในมอลเดเวียและพลเมืองเชื้อสายโรมาเนีย จะถูกตัดสิทธิไม่ให้ดำรงตำแหน่งบริหารในวงการเมืองการศึกษา และในพรรคคอมมิวนิสต์ หน่วยตำรวจลับหรือเคจีบี (KGB) จะคอยสอดส่องและกวาดล้างกลุ่มชาตินิยมที่พยายามเคลื่อนไหวทางการเมือง นโยบายการปกครองที่เข้มงวดดังกล่าวได้สร้างความไม่พอใจอย่างมากให้แก่พลเมืองเชื้อสายโรมาเนีย นอกจากนี้ สหภาพโซเวียตยังบังคับให้มอลเดเวียส่งผลผลิตทางการเกษตรจำนวนมากให้แก่รัฐบาลกลางด้วย ต่อมาในช่วงที่เลโอนิด อิลยิชเบรจเนฟ (Leonid Ilyich Brezhnev ค.ศ. ๑๙๐๖-๑๙๘๒)ดำรงตำแหน่งเป็นผู้นำพรรคคอมนิวนิสต์แห่งมอลเดเวียระหว่าง ค.ศ. ๑๙๕๐-๑๙๕๒ เขาดำเนินการกวาดล้างพวกชาตินิยมโรมาเนีย ที่พยายามเคลื่อนไหวก่อกบฏและเรียกร้องสิทธิทางการเมืองทั้งเนรเทศพลเมืองเชื้อสายโรมาเนีย หลายพันคนไปค่ายกักกันแรงงาน(Collective Labour Camp) ขณะเดียวกันเบรจเนฟยังบังคับให้พลเมืองมอลเดเวียโดยเฉพาะพลเมืองเชื้อสายโรมาเนีย เข้าร่วมโครงการการรวมการผลิตแบบนารวม(collectivization) และการอพยพไปตั้งรกรากในดินแดนทางภาคตะวันออกตามโครงการ “ดินแดนดิบ”(Virgin Lands) ในการบุกเบิกดินแดนทุรกันดารทางตะวันออกให้เป็นเขตเกษตรกรรม นโยบายการปกครองของเบรจเนฟมีผลให้แนวความคิดชาตินิยมและการต่อต้านสหภาพโซเวียตของพลเมืองเชื้อสายโรมาเนีย หมดบทบาทและอิทธิพลลงเป็นเวลากว่า ๓ ทศวรรษ
     ในกลางทศวรรษ ๑๙๘๐ เมื่อประธานาธิบดีมีฮาอิล เซียร์เกเยวิช กอร์บาชอฟ(Mikhail Sergeyevich Gorbachev) ปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิปไตยตามนโยบาย“กลาสนอสต์-เปเรสตรอยกา”(Glasnost-Perestroika) หรือ “เปิด-ปรับ”ใน ค.ศ.๑๙๘๕ การปฏิรูปดังกล่าวได้นำไปสู่การเกิดกระแสชาตินิยมและความขัดแย้งทางการเมืองภายในสาธารณรัฐโซเวียตต่าง ๆ และทำให้รัฐบอลติก (Baltic States)ซึ่งประกอบด้วยเอสโตเนีย (Estonia) ลัตเวีย (Latvia) และลิทัวเนีย (Lithuania) เห็นเป็นโอกาสเคลื่อนไหวเรียกร้องเอกราชเพื่อแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียตขบวนการชาตินิยมในมอลเดเวียจึงเริ่มเคลื่อนไหวรวมตัวเป็นกลุ่มเพื่อเรียกร้องความเป็นอิสระทางการเมืองและวัฒนธรรมระหว่าง ค.ศ. ๑๙๘๗-๑๙๘๘ ใน ค.ศ. ๑๙๘๙กลุ่มชาตินิยมที่เรียกชื่อว่าแนวร่วมประชาชนมอลเดเวีย (Moldavian Popular Front)เป็นกลุ่มการเมืองใหญ่ที่มีบทบาทและอิทธิพลสำคัญได้เคลื่อนไหวเรียกร้องให้ปฏิรูปพรรคคอมมิวนิสต์และใช้ภาษาโรมาเนีย เป็นภาษาราชการ ขณะเดียวกันกลุ่มชาตินิยมเชื้อสายอื่น ๆ ก็จัดตั้งขึ้น เช่น กลุ่มชาวสลาฟ และกลุ่มแกกออูซฮอล์ก (Gagauz Halk)ซึ่งเป็นพลเมืองเชื้อสายแกกออูซ
     ในต้น ค.ศ. ๑๙๙๐ มีการเลือกตั้งสภาโซเวียตสูงสุดของมอลเดเวียตามระบอบประชาธิปไตยขึ้นเป็นครั้งแรก และกลุ่มแนวร่วมประชาชนมอลเดเวียได้รับเลือกเป็นเสียงข้างมากอย่างไรก็ตาม มีร์เชีย สเนกุร์ (Mircea Snegur) คอมมิวนิสต์หัวปฏิรูปได้รับเลือกเป็นประธานสภาโซเวียตสูงสุด และต่อมาในเดือนกันยายน ก็ได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีแม้เขาพยายามดำเนินนโยบายสายกลาง แต่นโยบายดังกล่าวก็ไม่เป็นที่พอใจของกลุ่มการเมืองเสียงข้างน้อยในสภา เพราะเห็นว่าเขายังคงพยายามรักษาความสัมพันธ์กับสหภาพโซเวียตไว้ ในเดือนมิถุนายนปี เดียวกัน มีการเปลี่ยนชื่อสาธารณรัฐจากสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตมอลเดเวียเป็นสาธารณรัฐแห่งมอลโดวาสังคมนิยมโซเวียต (Soviet Socialist Republic of Moldova)ทั้งประกาศอำนาจอธิปไตยที่จะปกครองตนเองด้วย
     ในต้น ค.ศ. ๑๙๙๑ กอร์บาชอฟพยายามแก้ไขปัญหาการแยกตัวเป็นเอกราชของสาธารณรัฐโซเวียตด้วยการเสนอร่างสนธิสัญญาใหม่แห่งสหภาพ (NewTreaty of Union)ด้วยการยอมให้สาธารณรัฐโซเวียตต่าง ๆ มีอำนาจอธิปไตยในการดำเนินการภายในอย่างอิสระและให้มีสถานทูตของตนเองในต่างประเทศได้ แต่นโยบายสำคัญ ๆ เช่น การป้องกันประเทศ การจัดทำงบประมาณ และการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่จะรับผิดชอบร่วมกันระหว่างสหภาพโซเวียตกับกลุ่มประเทศเครือสาธารณรัฐโซเวียต สนธิสัญญาดังกล่าวกำหนดให้มีการลงนามรับรองร่วมกันในวันที่ ๒๐ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ แต่ในกลางเดือนมีนาคม มอลเดเวียอาร์เมเนียจอร์เจีย และรัฐบอลติกทั้ง ๓ แห่งก็ประกาศปฏิเสธที่จะลงนามรับรอง ขณะเดียวกันบอริส เยลต์ซิน (Boris Yeltsin) ประธานาธิบดีสหพันธรัฐรัสเซีย ก็ประกาศต่อต้านร่างสนธิสัญญาใหม่แห่งสหภาพด้วย และในเวลาต่อมารัฐสภารัสเซีย ก็ลงมติให้แยกตัวออกจากสหภาพโซเวียต มอลเดเวียจึงเห็นเป็นโอกาสเริ่มเคลื่อนไหวที่จะแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียตด้วยและในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ ก็ประกาศเปลี่ยนชื่อเป็นสาธารณรัฐมอลโดวาและสภาโซเวียตสูงสุดก็เปลี่ยนชื่อเป็นรัฐสภามอลโดวา
     เมื่อกองทัพและฝ่ายคอมมิวนิสต์อนุรักษนิยมร่วมมือกันก่อรัฐประหารเพื่อยึดอำนาจจากประธานาธิบดีกอร์บาชอฟซึ่งกำลังอยู่ระหว่างการพักผ่อนที่บ้านพักในไครเมียเมื่อวันที่ ๑๙ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ แต่การพยายามทำรัฐประหารซึ่งเกิดขึ้นเป็นเวลาเกือบ ๑ สัปดาห์ก็ล้มเหลวเพราะเยลต์ซินได้ปลุกระดมและรวมพลังประชาชนต่อต้านจนมีชัยชนะ มอลโดวาเพิกเฉยต่อคำสั่งของกองทัพโซเวียตในการประกาศภาวะฉุกเฉินและเข้าร่วมเคลื่อนไหวสนับสนุนเยลต์ซิน หลังการพ่ายแพ้ของฝ่ายยึดอำนาจ มอลโดวาก็ประกาศแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียตเมื่อวันที่ ๒๗สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ หลังการแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียต ประชากรเชื้อสายโรมาเนีย ก็เริ่มเคลื่อนไหวให้รวมเข้ากับโรมาเนีย และในช่วงเวลาใกล้เคียงกันชนชาติแกกออูซที่พูดภาษาเตอร์กิชทางตะวันตกเฉียงใต้ของมอลโดวาก็ประกาศจัดตั้งสาธารณรัฐแกกออูซขึ้น ทั้งพวกสลาฟทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำนีสเตอร์ก็ประกาศจัดตั้งสาธารณรัฐดเนสตร์ (Dnestr Republic) หรือสาธารณรัฐดเนสตร์มอลเดเวีย(Dnestr Moldavian Republic) ขึ้นที่ทรานส์นิเตรีย โดยมีทิแรสพอลเป็นเมืองหลวงรัฐสภามอลโดวาประกาศให้การจัดตั้งของสาธารณรัฐทั้ง ๒ แห่งเป็นโมฆะ แต่ทั้งสองสาธารณรัฐก็เพิกเฉยและในปลาย ค.ศ. ๑๙๙๑ ก็ดำเนินการเลือกตั้งประธานาธิบดีของตนเอง ความขัดแย้งทางการเมืองดังกล่าวได้นำไปสู่การเกิดสงคราม มอลโดวาจึงจัดตั้งกองทัพอาสาสมัครติดอาวุธขึ้นและได้รับการสนับสนุนจากทหารคอสแซค(Cossack) อาสาสมัครและกองทัพรัสเซีย ที่ ๑๔ (Russian 14th Army) ของสหพันธรัฐรัสเซีย ในการเข้าไปแก้ไขปัญหาทางการเมืองภายในซึ่งต่อมาพัฒนาเป็นปัญหายืดเยื้อทางการเมือง อย่างไรก็ตาม หลังเดือนกรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๒ ทั้งมอลโดวาและสาธารณรัฐทั้ง ๒ แห่งยอมยุติการสู้รบและหาทางแก้ไขปัญหาทางการเมืองร่วมกัน
     ในต้นเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ ผู้นำของสหพันธรัฐรัสเซีย ยูเครน และเบลารุส (Belarus) สามประเทศเชื้อสายสลาฟได้ร่วมกันจัดตั้งเครือรัฐเอกราชขึ้นเมื่อวันที่ ๘ ธันวาคม อีก ๒ สัปดาห์ต่อมา มอลโดวาและสาธารณรัฐโซเวียตอีก๑๐ สาธารณรัฐก็เข้าร่วมเป็นสมาชิกเครือรัฐเอกราชด้วย ซึ่งมีผลให้สหภาพโซเวียตต้องสลายตัวลงเมื่อวันที่ ๒๕ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๙๑อย่างไรก็ตาม รัฐสภามอลโดวาได้ให้สัตยาบันการเข้าเป็นสมาชิกเครือรัฐเอกราชในเดือนเมษายน ค.ศ. ๑๙๙๔
     ในต้นทศวรรษ ๑๙๙๐ มอลโดวาพยายามแก้ไขปัญหาการเมืองภายในประเทศและเสริมสร้างความสัมพันธ์อันดีกับนานาประเทศ ใน ค.ศ. ๑๙๙๒ มอลโดวาเข้าเป็นสมาชิกขององค์การสหประชาชาติ(United Nations) และในกลางทศวรรษ๑๙๙๐ ก็เป็นสมาชิกองค์การระหว่างประเทศอื่น ๆอีกหลายองค์การ เช่น สมาชิกกองทุนการเงินระหว่างประเทศ (International Monetary Fund - IMF) สมาชิกของการประชุมเพื่อความมั่นคงและร่วมมือกันในยุโรปหรือซีเอสซีอี(Conference onSecurity and Cooperation in Europe - CSCE) สมาชิกองค์การสนธิสัญญาป้องกันแอตแลนติกเหนือหรือนาโต (North Atlantic Treaty Organization - NATO)นาโตในฐานะภาคีเพื่อสันติภาพ (Nato-Partnership for Peace) และธนาคารโลก เป็นต้นในต้นเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๔ มีการลงประชามติว่ามอลโดวาจะรวมเข้ากับโรมาเนีย หรือไม่ แต่ผลปรากฏว่าเสียงส่วนใหญ่ร้อยละ ๗๕ ไม่ต้องการรวมและสนับสนุนให้เข้าร่วมกับเครือรัฐเอกราช ต่อมาในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๔ มอลโดวาก็ประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับใหม่แทนรัฐธรรมนูญโซเวียต ค.ศ. ๑๙๗๙ เมื่อวันที่ ๒๘กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๔ รัฐธรรมนูญฉบับนี้กำหนดการปกครองเป็นแบบ “สาธารณรัฐที่มีรัฐสภาและประธานาธิบดีเป็นประมุข”(presidential parliamentary republic)สมาชิกสภามีจำนวน ๑๐๑ คนดำรงตำแหน่ง ๔ ปี ส่วนประธานาธิบดีซึ่งเลือกตั้งโดยตรงจากประชาชนมีวาระการดำรงตำแหน่ง ๔ ปี และห้ามดำรงตำแหน่งเกิน ๒วาระ รัฐธรรมนูญยังให้อำนาจการปกครองตนเองมากขึ้นแก่สาธารณรัฐแกกออูซและสาธารณรัฐดเนสตร์ซึ่งทำให้ปัญหาแตกแยกทางการเมืองภายในสามารถแก้ไขได้ในระดับหนึ่ง
     ในกลาง ค.ศ. ๑๙๙๔ มอลโดวาก็ดำเนินการเลือกตั้งทั่วไปตามระบอบประชาธิปไตยขึ้นเป็นครั้งแรก และพรรคการเมืองสำคัญที่มักกุมเสียงข้างมากในสภาในเวลาต่อมา คือพรรคคอมมิวนิสต์แห่งมอลเดเวีย (Communist Party ofMoldavia) และพรรคคริสเตียนประชาธิปไตยประชาชน (Christian DemocraticPeopleûs Party) มอลโดวาเป็นประเทศเดียวในกลุ่มอดีตประเทศเครือสาธารณรัฐสังคมนิยมที่สังกัดในสหภาพโซเวียตที่พรรคคอมมิวนิสต์ยังคงมีบทบาทสำคัญในทางการเมือง ในเดือนตุลาคมปี เดียวกัน มอลโดวาทำความตกลงกับสหพันธรัฐรัสเซีย ในการจะถอนกำลังทหารที่ควบคุมสาธารณรัฐทั้ง ๒ แห่งออกภายในเวลา ๓ ปี โดยกำหนดถอนกองกำลังรุ่นแรกภายในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๙๖ แม้สภาดูมาของรัสเซีย จะไม่ให้สัตยาบันความตกลงดังกล่าว แต่ความตกลงทางการทหารของทั้ง ๒ประเทศก็มีส่วนเสริมสร้างเสถียรภาพทางการเมืองภายในมอลโดวาให้ดีขึ้น ต่อมาในค.ศ. ๑๙๙๗ มอลโดวากับสาธารณรัฐดเนสตร์ก็ได้ลงนามร่วมกันในความตกลงของค.ศ. ๑๙๗๗ ในปลายศตวรรษ ๑๙๙๐ สหพันธรัฐรัสเซีย ไม่ได้ถอนกำลังทหารออกจากมอลโดวา และสาธารณรัฐดเนสตร์อย่างสิ้นเชิงโดยอ้างว่ายังคงจำเป็นต้องมีกองทหารส่วนหนึ่งไว้เพื่อคุ้มกันพลเมืองเชื้อสายรัสเซีย ข้ออ้างดังกล่าวมีส่วนทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างมอลโดวากับสหพันธรัฐรัสเซีย ไม่ราบรื่น และมอลโดวาเริ่มหันไปกระชับความสัมพันธ์กับประเทศตะวันตกมากขึ้น ทั้งต้องการเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรป (European Union)ด้วย
     แม้มอลโดวาจะได้ชื่อว่าเป็นหนึ่งในกลุ่มของประเทศที่ยากจนที่สุดประเทศหนึ่งในยุโรปและมีหนี้สินต่างประเทศจำนวนมหาศาล อัตราการว่างงานสูงและแรงงานกว่าร้อยละ ๒๕ ต้องทำงานนอกประเทศ แต่เสถียรภาพทางการเมืองที่มั่นคงขึ้นตั้งแต่กลางทศวรรษ ๑๙๙๐ เป็นต้นมา ก็ทำให้รัฐบาลเริ่มสามารถแก้ไขปัญหาเศรษฐกิจและสังคมได้ในระดับหนึ่งและผลักดันนโยบายปฏิรูปด้านต่าง ๆ โดยรัฐบาลเน้นด้านการศึกษา สาธารณสุข และบำเหน็จบำนาญเป็นอันดับแรกๆ ใน ค.ศ.๑๙๙๔ รัฐบาลดำเนินการปฏิรูประบบเศรษฐกิจและขอความร่วมมือจากประเทศตะวันตกในการพัฒนาเศรษฐกิจและเทคโนโลยีทั้งสนับสนุนการพัฒนาอุตสาหกรรมตลอดจนการแปรรูปวิสาหกิจต่าง ๆ ซึ่งประสบความสำเร็จไม่น้อย ประชาชนทั่วไปจึงมีมาตรฐานการครองชีพที่ดีขึ้นตามลำดับ ในต้นคริสต์ศตวรรษที่ ๒๑ เกือบทุกครอบครัวมีิวทยุและโทรทัศน์ และมีชีวิตความเป็นอยู่ที่สุขสบายขึ้นทั้งใช้เวลาว่างเล่นกีฬาซึ่งกีฬาหลักที่ประชาชนชอบมากคือฟุตบอล.